linux常用命令
BioNews,专注于报道生命科学领域相关新闻，长按下方二维码即可关注”BioNews”(id : iBioNews)
把前几天更新的linux的常用命令汇总在了一起，方便大家查看。linux常用命令如下：
cd首先我们先介绍最简单，也是我最常用的命令之一，cd命令。
##进入根目录cdcd ~##查看目录的路径pwd
如果想要进入某特定路径
#进入某特定目录cd Desktop/test##查看当前路径pwd
想要进入上层目录
#进入上层目录cd ../##查看当前目录pwd
想要进入跟目录下一层的某目录
##进入根目录的下一层Downloads目录，其中~表示根目录cd ~/Downloads/##查看当前目录pwd
cd命令的常用用法也就这么多了，欢迎补充。
刚接触的时候会比较难，但用多了之后这些都是很简单的，关键是熟能生巧，多加使用。
ls如果想要查看某个目录下的文件有哪些，可以用ls命令，基本用法如下：
ls 目录当然在ls也是有很多参数的，具体参数以及参数表示的意思如下：
-a：全部的文件，连同隐藏的文件( 开头为 . 的文件) 一起列出来～ -A ：全部的文件，连同隐藏档，但不包括 . 与 .. 这两个目录，一起列出来～ -d ：仅列出目录本身，而不是列出目录内的文件数据 -f ：直接列出结果，而不进行排序 (ls 预设会以档名排序！) -F ：根据文件、目录等信息，给予附加数据结构，例如：*：代表可执行档；/：代表目录；=：代表 socket 档案；|：代表 FIFO 档案；-h ：将文件容量以人类较易读的方式(例如 GB, KB 等等)列出来；-i ：列出 inode 位置，而非列出文件属性；-l ：长数据串行出，包含文件的属性等等数据；-n ：列出 UID 与 GID 而非使用者与群组的名称 (UID与GID会在账号管理提到！) -r ：将排序结果反向输出，例如：原本文件名由小到大，反向则为由大到小；-R ：连同子目录内容一起列出来；-S ：以文件容量大小排序！-t ：依时间排序 –color=never ：不要依据文件特性给予颜色显示；–color=always ：显示颜色 –color=auto ：让系统自行依据设定来判断是否给予颜色 –full-time ：以完整时间模式 (包含年、月、日、时、分) 输出 –time={atime,ctime} ：输出 access 时间或 改变权限属性时间 (ctime) 而非内容变更时间 (modification time)具体的大家可以在自己电脑上试着操作一下，操作的感觉和看的感觉是完全不一样的，操作着操作着，你就入门了。
cpcp 命令，表示复制的意思，参数如下：
-a ：将文件的特性一起复制
-p ：连同文件的属性一起复制，而非使用默认方式，与-a相似，常用于备份
-i ：若目标文件已经存在时，在覆盖时会先询问操作的进行
-r ：递归持续复制，用于目录的复制行为
-u ：目标文件与源文件有差异时才会复制
具体使用方法：
cp A BA表示需要被复制的文件或者文件夹
B表示复制成的文件或者文件夹rmrm命令为remove的简写，作用是删除，参数：
-f ：就是force的意思，忽略不存在的文件，不会出现警告消息
-i ：互动模式，在删除前会询问用户是否操作
-r ：递归删除，最常用于目录删除，它是一个非常危险的参数
常用用法：
rm A如果想把整个当前目录下的所有文件都删掉，那就用以下用法
rm -rf *当然，这种删除方法一定要慎用慎用慎用！！
mvmv，move的缩写，mv命令作用是用来移动文件：
-f ：force强制的意思，如果目标文件已经存在，不会询问而直接覆盖
-i ：若目标文件已经存在，就会询问是否覆盖
-u ：若目标文件已经存在，且比目标文件新，才会更新
常用用法：
mv A B翻译成中文就是把A变成B.
其中A 为待移动的文件或者文件夹
B为移动后的文件或者文件夹
在cp的区别是，cp后A还在，而mv后A就不存在了
cat
查看文件时很少用到过，它用于查看一个文件的内容并将内容全部显示在屏幕上，文件大时在显示屏上看不出来啥，所以我不常用于查看文件。
cat test.txtmoremore也是一个查看文件的命令，当一个文件内容较多，一屏不能全部展示时，用cat看不了前面的内容，但more可以解决这个问题。当看完一整屏内容后，用空格或者回车键可以继续看下一部分内容。如果想要提前退出直接按“q”
more test.txtlessless也是一个查看文件的命令，和more相比，它可以实现上翻和下翻，我最比较常用的是less后面加-S参数，可以把一行内容展示在一行 。什么叫一行内容展示在一行呢？当没有-S时，less命令为了让读者能看到所有内容，如果一行的内容超过显示屏的宽度，less会在下一行继续显示，看起来会比较乱，而less -S 会把一行内容放在屏幕的一行，后面在整个屏幕显示不了的内容被隐藏起来，当我们用右翻时可以出现在屏幕上。这个命令是我用的比较多的文件查看命令之一。
less test.txtless -S test.txtheadhead也是我用的比较多的文件查看命令之一。当我们只想看前n行文件时可以用head -n finename，即可把前n行文件展示在屏幕上。
head test.txt ##输出test.txt的前10行，当没有-n时head默认是10行head -5 test.txt ##输出test.txt的前5行tailtail也比较常用，但没有head用的多，tail -n filename可以用来显示文件的后n行。
tail test.txt ##输出test.txt的最后10行，当没有-n时tail默认也是10行tail -5 test.txt ##输出test.txt的后5行vi的使用基本上 vi/vim 共分为三种模式，分别是命令模式（Command mode），编辑模式（Insert mode）和尾行模式（Last line mode）。这三种模式的作用分别是：
命令模式：
用户启动 vi/vim，便进入了命令模式。
以下是进入命令模式常用的几个命令：
i 切换到输入模式，以输入字符。
x 删除当前光标所在处的字符。
: 切换到底线命令模式，以在最底一行输入命令。
若想要编辑文本：启动Vim，进入了命令模式，按下i，切换到输入模式。
命令模式只有一些最基本的命令，因此仍要依靠底线命令模式输入更多命令。
编辑模式
在命令模式下按下i就进入了输入模式。
输入模式基本和其他编辑器一样。
ESC，退出输入模式，切换到命令模式
尾行命令模式
在命令模式下按下:（英文冒号）就进入了底线命令模式。
底线命令模式可以输入单个或多个字符的命令，可用的命令非常多。
在底线命令模式中，基本的命令有（已经省略了冒号）：
q 退出程序
w 保存文件
按ESC键可随时退出底线命令模式。
添加多行注释的方法：
1.进入vi/vim编辑器，按CTRL+V进入可视化模式（VISUAL BLOCK）2.移动光标上移或者下移，选中多行的开头3.选择完毕后，按大写的的I键，此时下方会提示进入“insert”模式，输入你要插入的注释符，例如#
4.最后按ESC键，你就会发现多行代码已经被注释了删除多行注释的方法：Ctrl+v 进入列选择模式，移到光标把注释符选中，按下d，注释就被删除了。cutcut用来截取字段，其格式为：
cut -d ‘分隔符’ -f n其中-d后跟着分隔符
-c后跟着是第几个字符
-f后跟着是第几个字符串
其中test.txt文件内容为：
hello world!当我想要截取第一个字符串时
cut -d” ” -f1 test.txt返回值为
hello而当我想要输出两个字符串时
cut -d” ” -f1,2 test.txt最终的输出则为
hello world!sortsort命令是用来做排序的命令。sort可针对文本文件的内容，以行为单位来排序。
sort [-bcdfimMnr][-o<输出文件>][-t<分隔字符>][+<起始栏位>-<结束栏位>][–help][–verison][文件]从例子中来看，其中a.txt的文件内容为：
21451122我们对其进行排序。
sort a.txt我们发现输出为
11122245而当我们用
sort -n a.txt则是按照数字大小排序，输出结果为：
12451122当我们想要按数字大小倒序排序时，
sort -rn a.txt输出为：
22115421uniqLinux uniq 命令用于检查及删除文本文件中重复出现的行列，一般与 sort 命令结合使用。
uniq 可检查文本文件中重复出现的行列。
我们的测试文件b.txt内容如下：
131235里面有重复的行，我们想要把重复的行去掉。
如果直接
uniq b.txt输出并没有发生任何变化，还是和b.txt一样。为什么呢？
因为uniq只能对挨着的两行做去重，所以在我们做uniq之前需要先sort
sort b.txt|uniq输出则为去重后的结果
1235grepgrep的一些常用参数如下：
-n 打印行号grep -n “.*” h.txt 所有打印行号grep -n “root” h.txt 匹配的内容显示行号-v 不包括-E 表示过滤 多个参数grep -Ev “sshd|network|crond|sysstat|”-o:仅打印你需要的东西，默认打印正行grep -o “hello” h.txt-i:忽略大小写grep -i “hello” h.txt-c: 用于统计文中出现的次数-A:后面紧跟一数字，如-A1表示打印出符合要求的行及其下一行-B:后面紧跟一数字，如-B1表示打印出符合要求的行及其上一行-C:后面紧跟一数字，如-C1表示打印出符合要求的行及其上下各一行linux中的一些正则用法，也是今天用到的。
^ #锚定行的开始 如：’^samp’匹配所有以sam开头的行。$ #锚定行的结束 如：’sam$’匹配所有以sam结尾的行。. #匹配一个非换行符的字符 如：’s.m’匹配sXm,其中X为任意一个字符。.* #代表任意字符。 举例来看。
我们的test.txt文件内的内容为：
hello world!world hello!hello nihao!gui tt!当我们想要找到hello开头的行时：
grep “^hello” test.txt最终的输出为
hello world!hello nihao!当我们只想要不含hello的行时
grep -v “hello” test.txt最终输出为：
gui tt!当我们既想要以hello开头同时又含有world的行时：
grep “^hello” test.txt|grep “world”最终的输出为：
hello world!当我们想要含有nihao及其上下各一行时：
grep -C1 “nihao” test.txt最终输出为
world hello!hello nihao!gui tt!sed今天要给大家介绍的sed命令，不仅可以对文件做查找，而且也可以对文件做替换操作。
其中test.txt文件内容和昨天的一样：
hello world! world hello! hello nihao! gui tt!1.用sed打印行：
sed -n ‘n’p filename ##单引号n是一个数字，表示第几行输出test.txt文件的第二行，示例代码如下：
sed -n ‘2’p test.txt最终的输出为：
world hello!2.打印包含某个字符串的行输出含有“hello”字符串的行sed -n ‘/hello/’p test.txt最终结果为：hello world!world hello!hello nihao!3.删除某行或多行删除test.txt的第一行的代码如下：
sed ‘1’d test.txt最终输出为：world hello!hello nihao!gui tt!删除1-3行sed ‘1,3’d test.txt最终输出为：gui tt!4.替换字符或字符串把test.txt文件中所有的hello替换为testsed ‘s/hello/test/g’ test.txt 最终输出为：test world!world test!test nihao!gui tt!awkawk的功能非常非常的强大，对于初学者来说，只需要能处理工作中的问题即可，因此给大家介绍比较常见的awk应用。
同样的test.txt文件。
hello world!world hello!hello nihao!gui tt!1.用awk截取文件的某一个字段
如果我们只想要文件的第一个字段，则可以：
awk -F”t” ‘{print $1}’ test.txt最终的输出结果为：
helloworldhellogui其中-F的作用是指示分隔符，$1表示第一个字段，$2表示第二个字段，依次类推。
2.用awk匹配字符或者字符串
输出含有hello的行
awk ‘/hello/’ test.txt最终输出为：
hello world!world hello!hello nihao!3.条件操作符
输出第一个字段为hello的行
awk -F”t” ‘$1==”hello”‘ test.txt最终输出为：
hello world!hello nihao!4.内置变量
awk常用的变量有NF和NR,其中NF表示用分隔符分隔后一共有多少个字段，而NR则表示行号。
awk -F”t” ‘{print NF}’ test.txt最终输出为：
2222表示每一行都有2段。
awk -F”t” ‘{print NR}’ test.txt最终的输出为（表示每一行的行号）：
1234这就是linux的一些常用命令，练习起来吧。
另：我们创建了生物信息学习交流群，如需进群，请长按下方二维码，添加管理员微信(禁广告)。
温馨提示：添加管理员微信时请备注姓名/学校/专业
